具体视何种蛋白质了。具有生物活性的蛋白质最常见的是酶。大部分活性蛋白质常温保存可以保持活性，但常温保存容易滋生细菌，因此，一般采用冷藏的保存方式，在不结冰的情况下，温度越低越好，保存在冰箱的冷藏室里比较合适。
但有些酶可以耐很高的温度，例如高温α淀粉酶，短时间120度仍然具有很高的活性。高温α淀粉酶水解淀粉时，是采用高温蒸汽喷射的方式进行水解，反应温度可以达到130度，高温α淀粉酶仍然具有高活性。一般的糖化酶使用温度60℃左右，在巴氏灭菌的温度下使用，可以避免杂菌滋生，保温几天时间，活性仍然良好。
