注射任何疫苗都存在的一定的风险，可能是疫苗本身瘦感染，或者是注射针头有细菌，又或者是每个人的基因等影响都会有可能造成副作用。据临床运用显示，个体差异，注射疫苗之后有些人会出现类似感冒的症状，头晕、呕吐、胃胀、身体发寒，有一些人会轻微出血。注射的部位有疼痛、肿胀、瘙痒、红斑及发烧，均属轻微。特别需要注意的是，注射此疫苗不能同时注射其他针剂。孕妇禁用。
常见的副作用与其他一般疫苗相似，包括注射位置红肿和疼痛，发烧和头痛。颜教授说：[子宫颈癌疫苗有6年临床数据，暂未见有与疫苗相关的严重副作用，所以疫苗的安全性是可靠的。]颜教授早前进行一项调查，发现受访妇女在决定注射子宫颈癌预防疫苗时所考虑的因素是1）安全性2）效用3）费用。
多数副作用案例为轻症。宫颈癌疫苗的标准名是“人类乳头瘤病毒疫苗”，发热、皮疹、头晕、恶心等是其常见的副作用，这些症状通常在接种后几天内消失。而此次在日本的副作用除上述症状外，还有少数表现为肌肉痉挛和麻痹。徐先明告诉记者，由于运用时间较短，此次的副作用是否与疫苗本身有关，还需要进一步研究确认。
根据临床运用显示，个体差异，注射疫苗之后有些人会出现类似感冒的症状，头晕、呕吐、胃胀、身体发寒，有一些人会轻微出血。注射的部位有疼痛、肿胀、瘙痒、红斑及发烧，均属轻微。特别需要注意的是，注射此疫苗不能同时注射其他针剂。孕妇禁用。
