女性的子宫内膜在正常的下，是在宫腔之中成长的，随着每个月女性月经的来临，它会掉落之后重新开始加厚生长。但是由于内膜开始在女性的卵巢中，进行生长，但是在生理期的时候这一部分的内膜并不会随着离开自己的。
卵巢虽小，却是产生卵子并排卵、内分泌激素、平衡内分泌的关键部位，多发生在内分泌严重的年龄。所以和内分泌失调到了一起。而且，来月经时生气的话，可能会导致月经没有了，造成脏东西排不出来，在卵巢里变成了囊肿
巧克力囊肿，又称卵巢内膜异位囊肿，是因子宫内膜“飘洋过海”，“移民”到卵巢内引发的一种疾病，它是子宫内膜异位症中最常见的一类，与肿瘤性质的卵巢囊肿有本质的区别。子宫内膜“移民”到卵巢内后，仍受卵巢性激素的周期性影响。当月经来潮时，“侨居”卵巢内的异位内膜也会发生“月经”样出血，“经血”无法排出体外，只得潴留在卵巢内。脱落于“经血”中的异位内膜像种子一样，继续种植于卵巢内，就是如此周而复始的循环，月复一月，年复一年，潴留于卵巢内的“经血”越积越多，就形成了由小到大的囊包，医学上称为“卵巢内膜异位囊肿”，由于囊肿内的血是长期潴留的陈旧血，外观呈巧克力糊状，故又称为“巧克力囊肿”。巧克力囊肿随着病程的延长，囊肿内积血的不断增加，囊肿体积也随之增大。当囊腔内积血过多、压力过高时，可撑破囊壁薄弱部分，发生囊肿自发性破裂，囊内流出部分积血，压力降低后，囊壁破口常可自行愈合。
