对编码基因做序列比对，用DNA序列还是蛋白质序列好，为什么

当然是DNA序列。

对编码基因做序列比对主要是测基因序列和比对，那当然是该序列具有多个相同的特征，有少许的差别作为最终比较的效果，这样能考察基因序列比对的准确性。

      DNA基因序列在遗传上有很大的相似，相似程度至少是99%，很适宜做编码基因做序列比对。

      而蛋白质基因没有一定的相似程度，除了在同一种类的基因做编码基因序列对比有一定作用外，没有能够达到DNA遗传基因的相似程度。那样对比的结果很难以做出准确的判断。