纪委为什么不能是党委的职能部门

不是，纪委是由同级党的代表大会选举产生的，有自己的一套班子，俗称的“五套班子”就是包括纪委班子的。你可以看一下在党委的门口都挂着五块牌子，其中一块就是纪委的。但是虽然他不是党委的一个部门，却要在同级党委和上级纪委的双重领导下工作。
属于党内监督机关。

纪委是监督的作用，当然不能和其它部门在一个平台上呀。

党章是规定了，纪委是要在同级党委和上级纪委的领导下工作，但也要对同级党委进行监督，下属又如何监督领导呢？所以纪委必然是独立部门，有相对的权威性和独立性，在十二大，将“主要”受同级党委领导的提法取消了，强调同级监督作用。