从病理生理角度考虑，POF病因可分为两大类：卵泡衰竭（ovarianfollicledepletion）和卵泡功能失调（ovarianfollicledysfunction）。原始卵泡池不足和卵泡闭锁加速是导致卵泡衰竭的原因。
POF是一种有多种病因的综合征，在大部分的病例中病因还不明确。
目前POF病因从临床上主要分为以下几个方面，各个病因都可从以上某个方面减少卵巢内卵泡池的储备或引起卵泡功能失调而导致POF。
遗传因素1．X染色体异常：
2．常染色体的各种相关基因：FSHR基因、Inhibin基因、FSHb基因、AIRE基因、FOXL2基因等的突变和半乳糖血症都可能与卵巢早衰相关
3免疫因素
POF患者合并其他内分泌腺体或系统的自身免疫性疾病。
4手术、化疗、放疗和环境毒素
手术直接切除双侧卵巢后其临床表现与卵巢早衰一致，但不属于卵巢早衰。有些手术虽未切除双侧卵巢但手术后易发生卵巢早衰，放疗导致的卵巢衰竭主要与患者年龄和接受的剂量有关。环境毒素引起卵细胞破坏可导致卵巢衰竭。
5酶缺陷，几种特殊的酶缺陷会破坏雌激素合成而导致青春期延迟、原发闭经和促性腺激素水平升高。
生殖细胞的迁移、卵原细胞的有丝分裂和减数分裂的发动形成原始卵泡的机理仍不清楚。这个复杂过程的任一环节一旦被扰乱就可引起原始卵泡池减少而导致POF；从原始卵泡到窦前卵泡的发育过程中卵泡闭锁加速就会导致进入生长池卵泡数目减少从而导致POF；另一些POF患者可以有正常的卵细胞和卵泡的表象，然而尽管有足够的促性腺激素它们还是没有正常的功能，属于卵泡功能失调，临床表现为卵泡型POF。
