在通常情况下，内膜异位症的一种病变。由于子宫内膜生长在子宫腔内，受体内女性激素的影响，每月脱落一次，而形成所谓的月经。如果月经期脱落的子宫内膜碎片随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿，这种异位的子宫内膜也受性激素的影响，随同月经周期反复脱落出血，如病变发生在卵巢上，每次月经期局部都有出血，使卵巢增大，形成内含陈旧性积血的囊肿，这种陈旧性血呈褐色，黏稠如糊状，似巧克力，故又称“巧克力囊肿”。这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变。卵巢巧克力囊肿虽然是良性疾病，却有增生、浸润、转移及复发等恶性行为。此类卵巢囊肿是25～45岁的生育年龄妇女最常见的疾病之一，发病率为10%～15%。子宫内膜异位病灶会随时间增加而变大，渐渐侵蚀正常组织，造成卵巢组织不可逆的损害。严重者需要手术处理。这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变。
可采用药物或（和）手术治疗（保守性或根治性）。到目前为止来看，除根治性手术之外，尚无一种理想的根治方法。不论是药物治疗抑还是保守性乎术均有相当高的复发率。所以，需要根据患者年龄、症状、体征、病变范围以及对生育要求等加以选择，强调个体化治疗。症状轻或无症状的轻微病变选用期待治疗；有生育要求的轻度患者明确诊断后先行药物治疗，病情重者行保留生育功能手术；年轻无生育要求的重症患者可行保留卵巢功能手术，并辅以药物治疗；症状及病变均严重的无生育要求患者可行根治性手术。手术方式有开腹手术和经腹腔镜手术两种，而最佳处理方法却是腹腔镜手术。
