腹腔镜检查是目前临床上诊断卵巢巧克力囊肿效果最好的方法，主要是在腹腔镜的辅助下对盆腔进行窥视，能够精确的找到子宫内膜异位的位置以及病因，并且对其进行精确的诊断。
卵巢子宫内膜异位囊肿即巧克力囊肿，正常情况下，子宫内膜生长在子宫腔内，受体内女性激素的影响，每月脱落一次，形成月经，如果脱落的子宫内膜碎片随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢，经血潴留，使卵巢增大，形成内含陈旧性积血的囊肿，这种陈旧性血呈褐色，黏稠，似巧克力，因此可以称为巧克力囊肿，卵巢子宫内膜异位囊肿可以能会逐渐增大，可能会渐渐侵蚀正常组织，有增生、浸润、转移及复发等恶性行为，因此要了解卵巢子宫内膜异位囊肿出现的现象，尽早治疗，避免囊肿的卵巢子宫内膜异位囊肿的发生、增大
对于子宫直肠窝阴道后穹隆子宫内膜异位症可造成患者的性交痛，可能还伴有点状出血，卵巢巧克力囊肿的症状并不是十分的明显。
影像学检查。阴道和腹B超声检查是最简便易行的诊断方法。是鉴别卵巢子宫内膜异位囊肿的重要手段，其诊断敏感性和特异性均在96%以上，但直径小于25px不易测出。B型超声检查可确定卵巢子宫内膜异位囊肿的位置、大小、形状和囊内容物，囊内有无乳头，提示囊性还是实性，与周围脏器特别是与子宫的关系等。血清CA125测定。中、重度内异症患者血清CA125值可能会升高，但一般均为轻度升高，多低于100IU/L。对于CA125值升高者，血清CAI25水平可用于监测异位内膜病变活动情况，治疗有效时降低，复发时升高。
