卵巢巧克力囊肿是25-45岁的生育年龄妇女最常见的疾病之一，其危害有：痛经：痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆，常进行性加重。性交疼痛：这也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血，卵巢巧克力囊肿的症状并不是十分的明显。不孕及月经失调：在不孕的女性中，子宫内膜异位造成的不孕占有很高的比例。
卵巢巧克力的治疗可采用药物或（和）手术治疗（保守性或根治性）。迄今为止，除根治性手术外，尚无一种理想的根治方法。无论是药物治疗抑或保守性乎术均有相当高的复发率。因此，应根据年龄、症状、体征、病变范围以及对生育要求、主观愿望等因素加以选择，强调个体化治疗。主张选对药物积极治疗并结合密切随访复查，注意卵巢囊肿的性质变化，再采取相应的对策。症状轻或无症状的轻微病变选用期待治疗；有生育要求的病情较轻的明确诊断后先行药物治疗，病情重者行保留生育功能手术；年轻但无生育要求的病情很重的可行保留卵巢功能手术，并辅以药物治疗；症状及病变均严重的无生育要求患者可行根治性手术。手术方式有开腹手术和经腹腔镜手术两种。腹腔镜手术是本病最佳的处理方法。目前认为以腹腔镜确诊、手术+药物为内异症治疗的金标准。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法。但腹腔镜手术的选择及效果在很大程度取决于设备、器械和手术者的经验及技巧。开腹手术可用于腹腔镜条件不具备或非常复杂的手术，如严重粘连和有多次手术史者。病因不清，其组织学发生复杂，不能完全预防。根据可能的病因及流行病学结果，可从以下几方面进行预防：防止经血逆流；药物避孕；防止医源性异位内膜种植。
