电灼治疗：通过电灼来切除子宫内膜的异位病灶。
局部治疗：可以缓解巧克力囊肿带来的痛经、不孕、包块以及盆腔结节。
手术治疗：又分为保守性手术和半保守性手术，保守性手术可以保留子宫生育能力，清除或破坏病灶；半保守性手术，控制疼痛，保留卵巢功能。
经腹腔镜治疗：如果使用传统的中西医结合方法效果不明显，手术不易切除病灶的，可以通过腹腔镜手术来治疗。
根治手术：这样的一项手术主要就是子宫全切除术，这样可以更加彻底的清楚病灶，卵巢巧克力囊肿用手术治疗是当前行之有效的方法，可以增加受孕机会。
在彩超直接监控下，避开大血管，用专用针穿刺入囊肿内，抽净囊内液，冲洗干净，注入无水酒精等硬化剂，使囊肿壁上的异位的子宫内膜细胞凝固坏死，从而不再每次月经周期时出血形成巧克力样囊液，并且使囊壁粘连闭合。如注用的是内分泌药物，其原理是抑制排卵，也就抑制了内膜细胞出血，久之囊壁粘合、吸收。这种囊壁本身就是腹膜包裹形成的，并无其他组织，在腹腔不会有其他危害。
对巧克力囊肿穿刺进针有两种途径，一种从阴道进针，此方法操作时需暴露会阴部不方便病人，但图像清晰，也无需麻醉。另一种方法从腹壁进针，操作过程中针管稳定性强，方便医生操作。
超声介入治疗巧克力囊肿无论何种进针方法，都不会引起囊液外溢，加之冲洗干净，从相关报道来看，只要经过专门训练的超声医生认真操作，十分安全有效，经我们数百例巧克力囊肿的穿刺治疗的观察，未发现种植、复发病例。
