临床上显示女性的阴道自净作用是指阴道上皮在卵巢分泌的雌激素影响下增生变厚，增加对病原体侵入的抵抗力，同时上皮细胞中含有丰富糖原，在乳杆菌作用下分解为乳酸，维持阴道正常的酸性环境（pH≦4.5，多在3.8-4.4）使适应于弱碱性环境中繁殖的病原菌受到抑制的一种女性的自身自然防御功能。
健康的女性正常情况下阴道内虽有多种细菌存在，但由于阴道与这些菌群之间形成生态平衡并不致病。在维持阴道生态平衡中，乳杆菌、雌激素及阴道PH起重要作用。生理情况下，雌激素使阴道上皮增生变厚，并增加细胞内糖原含量，阴道上皮细胞分解糖原为单糖，阴道乳杆菌将单糖转化为乳酸，维持阴道正常点的酸性环（ph≤4.5，多为3.8~4.4），抑制其他病原体生长，称成为阴道自净作用。正常阴道菌群中，抗微生物因子可抑制或杀灭其他细菌。阴道生态平衡一旦被打破或外源性病原体侵入，即可导致炎症发生。
正常女性阴道的自净作用到底有多大呢？这要看阴道上皮细胞内糖原的含量了，而阴道上皮细胞糖元含量受卵巢分泌雌激素水平的高低所调节。分泌的雌激素多，糖元含量就高。假使卵巢的功能不健全，便可影响阴道上皮细胞的糖元含量。 阴道内环境受卵巢激素的影响，在排卵期呈弱碱性有利于精子的成活。阴道炎症时，阴道内环境不利于精子的成活，影响精子的活动力和穿透力，减少了进入宫颈和子宫内精子数量，从而降低了受孕率。阴道是重要的生殖免疫器官，其间含有大量的巨噬细胞和浆细胞可识别精子抗原和病原体，并分泌。阴道炎时精子死亡和精子抗原释放，促进阴道内抗精子抗体生成，直接影响精子成活率、活力、穿透力和降低受孕力。
